El mantenimiento de la viabilidad de las semillas es una función esencial de los bancos de germoplasma que asegura que el germoplasma esté disponible para los usuarios y sea representativo desde el punto de vista genético de la población original.
La longevidad de las semillas está determinada por la temperatura de almacenamiento y el control del contenido de humedad de las semillas, y depende de la especie. De este modo, la longevidad de las semillas aumenta conforme disminuye el contenido de humedad y la temperatura de almacenamiento de las semillas, dentro de unos límites.
Por ello, antes de su almacenamiento las muestras de semillas que conserva el BGHZ se someten a un proceso de acondicionado y secado, utilizando como desecante el gel de sílice, y se conservan en cámaras a una temperatura de -18ºC. Las muestras de semillas se introducen en frascos de cristal transparente con cierre hermético, junto con gel de sílice a modo de indicador, para controlar el estado del recipiente durante el almacenamiento. El BGHZ dispone de tres cámaras de conservación, que suponen una superficie total de 85 m3.