La regeneración, también llamada multiplicación, es un proceso que produce un aumento de las semillas almacenadas y/o un aumento de la viabilidad de las semillas. Las entradas se regeneran cuando no se dispone de suficientes semillas para su almacenamiento (1.500 para especies autógamas y 3.000 para especies alógamas), o cuando su viabilidad se haya reducido por debajo de un umbral mínimo.
Para la multiplicación del material vegetal se considera para cada especie su comportamiento reproductivo y si es necesario se aplican mecanismos de control de la polinización.
En todas las especies alógamas es necesario controlar la polinización, para ello se pueden utilizar diferentes estrategias, como el cultivo de las distintas entradas de la misma especie en parcelas aisladas espacialmente o el cultivo de cada entrada en jaulas de aislamiento utilizando polinizadores, como en cebolla (utilizando como insecto polinizador la mosca azul Caliphora vomitoria) o en borraja (utilizando como polinizadores Bombus terrestris). En las especies parcialmente autógamas, como el pimiento, no es necesario el uso de polinizadores en las jaulas de aislamiento, pudiéndose también embolsar las plantas individualmente para su regeneración.
